Bazilika sv. Jakuba se proslavila i díky unikátním varhanám s největším počtem píšťal v Česku. Varhany mají 4 manuály, 91 rejstříků a 8277 píšťal, a umožňují interpretovat varhanní dílo všech stylových období. Překrásná vyřezávaná varhanní skříň pochází z roku 1705.